EAÜ asutati 1969. aastal.
Arhiivi loomise vajadusest USA-s räägiti juba 1950. aastatel – ajal, mil eestlaste väljaränne USA-sse oli aktiivne. Ülemaailmne Eesti Ühing avaldas 25. märtsil 1950 ajalehes “Vaba Eesti Sõna” üleskutse, kus soovitatakse läbi vaadata oma raamatukogud ja muu kirjavara ning annetada iseseisvuse ajal (ja varem) ilmunud kirjandust ühingu juurde loodavale arhiivile.
Arhiivi loomine võttis siiski kauem aega. Arhiivi kogudele panid aluse Geislingeni põgenikelaagri materjalid. Jaanuaris 1966, tegi Ferdinand Kool Rahvuskomiteele ettepaneku asutada nende materjalide edaspidiseks hooldamiseks arhiiv nimega Eesti Arhiiv Ühendriikides (EAÜ), määrata arhiivile kuni vormiliste aluste väljatöötamiseni ajutine hooldaja ning alustada võimalikult peatselt uute materjalide kogumisega.
EAÜ asutamiskoosolek toimus 27. juunil 1969.
1972 septembris anti arhiivile pidulikult üle spetsiaalselt selleks ehitatud maja, millesse tegelikult koliti sisse 1975 septembris. Geislingeni arhiivmaterjalide seikluslik teekond läbi Marburgi, Kongresside Raamatukogu Washingtonis ja F. Kooli keldri Manchesteris lõppes viimaks Lakewoodis. 1980. aastatel valmis hoone juurdeehitus. Aastal 2002 oli IHRC-s registreeritud üle 350 arhiivikogu. Need sisaldasid enam kui 35 000 toimikut, mis pakitunaumbes 1000 kasti, võtsid riiulitel enda alla rohkem kui1200 jalga.
2003. aasta kevadel algas arhiivi varade üleandmine Immigratsiooni AjalooUurimise Keskusesse Minnesotas (Immigration History Research Center, IHRC). IHRC asutati 1965. aastal. Praeguse nime all tegutseb see alates 1974. aastast. IHRC kogub kõigi Ameerika immigrantgruppide arhiivimaterjale, mh soome, ukraina, läti ja leedu marejalid. Uurimiskeskus asub kaasaegses hoones, kus on head hoiu- ja uurimistingimused.
Oktoobris 2003 sõlmiti Minnesota Ülikooli ja EAÜ vahel leping, millele kirjutasid EAÜ poolt alla esinaine Enda-Mai Michelson-Holland ja abijuhataja Thomas Vaga. Vastavalt lepingule loodi Minnesota Ülikooli juurde Gustav ja Hildegard Musta nimeline Eesti-Ameerika Õppefond (Estonian-American Studies Fund). See fond garanteerib eesti arhiivimaterjalide nõuetekohase säilitamise ja hooldamise IHRC-s ning võimaldab nende materjalide kasutamist uurijate poolt. Fondi toetusel on võimalik rakendada kraadiõppureid IHRC-s olevate materjalide korrastamiseks ning uurimistööks.
2003. aasta lõpuks oli IHRC-i üle viidud umbes üks kolmandik EAÜ kogudest, ning see töö jätkub valikuliselt. Esialgu jäävad kohale need arhiivikogud, mida vastavad organisatsioonid vajavad oma tegevuses, samuti need, mida kasutatakse käimasolevateks uurimusteks. Need kogud on: Eesti Rahvuskomitee Ühendriikides, Eesti Abistamiskomitee, Eesti Abi, New Yorgi Eesti Haridusselts, Lakewoodi Eesti Ühing, Lakewoodi Pühavaimu Kogudus ja Baltimore Eesti Selts. Samuti jääb Lakewoodi EAÜ enda arhiiv. Kuna IHRC ei võta vastu muuseumiesemeid, jäävad EAÜ-sse kunstiteosed, tekstiilid, etnograafilised esemed, medalid ning mälestusmargid. Trükistest saadetakse üks eksemplar IHRC-sse, teine jääb EAÜ-sse. EAÜ Lakewoodis jääb töötama iseseisva asutusena, kuigi tema arhiivikogudest suurem osa on paigutatud IHRC-sse.
